Sinopsis

Berlatar satu tahun sebelum Zentraedi tiba di Bumi, Macross Zero mengisahkan hari-hari terakhir perang antara U.N. Spacy dan faksi anti-PBB. Setelah ditembak jatuh oleh pesawat tempur terbaru anti-PBB, pilot ulung Shin Kudo mendapati dirinya berada di pulau terpencil Mayan, tempat teknologi hampir tidak ada. Sementara Shin tinggal di pulau itu untuk menyembuhkan luka-lukanya, ketenangan pulau itu hancur oleh pertempuran yang melibatkan pesawat tempur terbaru PBB - VF-0.