Sinopsis

Tahun 21XX. Reploid kini sudah umum, setelah Dr. Cain menemukan kembali laboratorium lama Dr. Light dan mendasarkan beberapa desain pada desain asli Dr. Light, yang disebut "Megaman X." Sementara itu, X telah bergabung dengan Maverick Hunters, dan bekerja dengan pemimpin unit Zero di bawah komando Jenderal Sigma. Tugas mereka adalah membasmi reploid pember叛, yaitu mereka yang telah menjadi ganas.